实验室设置三个研究方向，一是人工林生态与修复；二是森林生物多样性保育；三是森林培育。方向一：重点解决人工林生态营林理论与技术创新、石漠化植被修复理论与模式创新和森林生态资源生态产业化实现机制；方向二：重点研究森林生物多样性形成和维持机制、西南喀斯特森林鸟类多样性与保育和西南喀斯特洞穴鱼类多样性形成与维持机制。方向三：重点阐明重要林木种子生理与适应性、重要林木基因组学与进化机制和重要林木培育与高效利用等。